Y su nombre es precisamente remux. Esta aplicación nos permite "remuxear" una gran cantidad de archivos a otros contenedores de manera individual o en lotes. Incluso podemos volver a codificar el audio lo cual puede ser la solución, aunque el proceso es algo más lento, cuando tenemos problemas con el sonido como nos estuvo pasando. Todo desde la comodidad de una interfase gráfica e instalando una sola aplicación basada, también, en ffmpeg.
Les recomiendo descargar esta útil herramienta.